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Gene / Protein ID mapping databases

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Species BridgeDb Download QC report Size DOI License Date Tested with
Anopheles gambiae (ncbitaxon:7165) Ag_Derby_Ensembl_Metazoa_39.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    
Aspergillus niger (ncbitaxon:5061) An_Derby_Ensembl_Fungi_32.bridge   25.3 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license   PathVisio 3.3
Arabidopsis thaliana (ncbitaxon:3702) At_Derby_Ensembl_Plant_39.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    
Bacillus subtilis (ncbitaxon:1423) Bs_Derby_Ensembl_91.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    
Bos taurus (ncbitaxon:9913) Bt_Derby_Ensembl_104.bridge QC 153.2 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Caenorhabditis elegans (ncbitaxon:6239) Ce_Derby_Ensembl_104.bridge QC 176.3 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Canis familiaris (ncbitaxon:9615) Cf_Derby_Ensembl_104.bridge QC 152.5 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Ciona intestinalis (ncbitaxon:7719) Ci_Derby_Ensembl_104.bridge QC 32.7 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Danio rerio (ncbitaxon:7955) Dr_Derby_Ensembl_104.bridge QC 269.5 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Daphnia magna (ncbitaxon:35525) Da_Derby_Ensembl_Metazoa_49.bridge   44.6 MB (doi:10.5281/zenodo.6500401) license 2022-04-28 PathVisio 3.3
Daphnia pulex (ncbitaxon:6669) Dp_Derby_Ensembl_Metazoa_49.bridge   59.4 MB (doi:10.5281/zenodo.6500401) license 2022-04-28 PathVisio 3.3
Drosophila melanogaster (ncbitaxon:7227) Dm_Derby_Ensembl_104.bridge QC 87.9 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Escherichia coli (ncbitaxon:562) Ec_Derby_Ensembl_91.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    
Equus caballus (ncbitaxon:9796) Qc_Derby_Ensembl_104.bridge QC 176.7 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Gallus gallus (ncbitaxon:9031) Gg_Derby_Ensembl_104.bridge QC 129.3 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Glycine max (ncbitaxon:3847) Gm_Derby_Ensembl_Plant_32.bridge   162.1 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Gibberella zeae Gz_Derby_Ensembl_Fungi_39.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    
Homo sapiens (ncbitaxon:9606) Hs_Derby_Ensembl_104.bridge QC 793.2 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Hordeum vulgare (ncbitaxon:4513) Hv_Derby_Ensembl_Plant_32.bridge   77.1 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Macaca mulatta (ncbitaxon:9544) Ml_Derby_Ensembl_104.bridge QC 277.1 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Mus musculus (ncbitaxon:10090) Mm_Derby_Ensembl_104.bridge QC 410.6 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Mycobacterium tuberculosis (ncbitaxon:1773) Mx_Derby_Ensembl_85.bridge   11.5 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Ornithorhynchus anatinus (ncbitaxon:9258) Oa_Derby_Ensembl_104.bridge QC 88.9 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Oryza indica Oi_Derby_Ensembl_Plant_32.bridge   124.6 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Oryza japonica Oj_Derby_Ensembl_Plant_39.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    
Ovis aries (ncbitaxon:9940) Ova_Derby_Ensembl_104.bridge QC 95.4 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Pan troglodytes (ncbitaxon:9598) Pt_Derby_Ensembl_104.bridge QC 370.1 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Populus trichocarpa (ncbitaxon:3694) Pi_Derby_Ensembl_Plant_32.bridge   212.5 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Rattus norvegicus (ncbitaxon:10116) Rn_Derby_Ensembl_104.bridge QC 289.2 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Saccharomyces cerevisiae (ncbitaxon:4932) Sc_Derby_Ensembl_104.bridge QC 35.0 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Solanum lycopersicum (ncbitaxon:4081) Sl_Derby_Ensembl_Plant_32.bridge   59.0 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Sus scrofa (ncbitaxon:9823) Ss_Derby_Ensembl_104.bridge QC 161.7 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Vitis vinifera (ncbitaxon:29760) Vv_Derby_Ensembl_Plant_32.bridge   109.7 MB (doi:10.5281/zenodo.5638771) license    
Xenopus tropicalis (ncbitaxon:8364) Xt_Derby_Ensembl_104.bridge QC 105.5 MB (doi:10.5281/zenodo.6367091) license 2022-03-18 PathVisio 3.3
Zea mays (ncbitaxon:4577) Zm_Derby_Ensembl_Plant_39.bridge     (doi:10.5281/zenodo.3667670) license    

Coronavirus gene/protein identifiers

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Species BridgeDb Download QC report Size DOI License Date Tested with
Human Coronaviruses humancorona-2021-11-27.bridge   2.1 MB (doi:10.5281/zenodo.5734440) CC0 2021-11-27  

Other ID mapping databases

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type BridgeDb Download QC report Size DOI License Date Tested with
Complexes complexes-2023-02-09.bridge   12.5 MB (doi:10.5281/zenodo.7625357) CC0 2023-02-09  
Interactions interactions20210109.bridge   17.13 MB (doi:10.6084/m9.figshare.13551176) CC0 2021-01-09  
Metabolites metabolites_20220707.bridge   2.59 GB (doi:10.6084/m9.figshare.20260911) CC0 2022-07-07 PathVisio 3.3
Publications publications_20211116.bridge   23.62 MB (doi:10.6084/m9.figshare.17027795.v1) CC0 2021-11-16