Show
Ignore:
Timestamp:
06/01/10 06:07:37 (2 years ago)
Author:
AlexanderPico
Message:

Adding KEGG Genes and BioCyc? datasources

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/org.bridgedb.bio/src/org/bridgedb/bio/BioDataSource.java

    r378 r387  
    4242        public static final DataSource BIOGRID = DataSource.register ( 
    4343                "Bg", "BioGrid").asDataSource(); 
     44        public static final DataSource BIOCYC = DataSource.register ( 
     45                "Bc", "BioCyc").asDataSource(); 
    4446        public static final DataSource CINT = DataSource.register ( 
    4547                "C", "Cint").asDataSource(); 
    … …  
    133135        public static final DataSource IRGSP_GENE = DataSource.register ( 
    134136                "Ir", "IRGSP Gene").asDataSource(); 
     137        public static final DataSource KEGG_GENES = DataSource.register ( 
     138                "Kg", "KEGG Genes").asDataSource(); 
    135139        public static final DataSource ENTREZ_GENE = DataSource.register ( 
    136140                "L", "Entrez Gene").asDataSource(); 
    … …  
    352356                                Pattern.compile("ENSDARG\\d{11}") 
    353357                ); 
    354                 DataSourcePatterns.registerPattern( 
    355                                 BioDataSource.ENSEMBL_MTUBERCULOSIS, 
    356                                 Pattern.compile("EBMYCG\\d{11}") 
    357                 ); 
     358                DataSourcePatterns.registerPattern( 
     359                                BioDataSource.ENSEMBL_MTUBERCULOSIS, 
     360                                Pattern.compile("EBMYCG\\d{11}") 
     361                ); 
    358362                DataSourcePatterns.registerPattern( 
    359363                                BioDataSource.ENSEMBL_FRUITFLY,  
    … …  
    453457                                Pattern.compile("C\\d+") 
    454458                ); 
     459                DataSourcePatterns.registerPattern( 
     460                                BioDataSource.KEGG_GENES, 
     461                                Pattern.compile("[a-z]{3}:.+") 
     462                ); 
     463                DataSourcePatterns.registerPattern( 
     464                                BioDataSource.BIOCYC, 
     465                                Pattern.compile("(Meta|Eco)Cyc:.+") 
     466                );               
    455467                 
    456468                ensemblBySpecies.put (Organism.BacillusSubtilis, ENSEMBL_BSUBTILIS);