Changeset 364

Show
Ignore:
Timestamp:
05/29/10 23:27:39 (21 months ago)
Author:
AlexanderPico
Message:

Added Gene Wiki support

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/dbbuilder/src/org/bridgedb/extract/Ensembl_ETL_Device_v18_local.pl

    r359 r364  
    10041004                                             'PRIMARY KEY (ID)', 
    10051005                                             'INDEX (Symbol)']); 
     1006        %{$GeneTables{GeneWiki}} = ('NAME' => ['GeneWiki', 'Gw'], 
     1007                                      'SYSTEM' => ["\'GeneWiki (Wikipedia)\'", "\'$dateArg\'", 
     1008                                                   "\'ID\|Symbol\\\\sBF|Synonyms\\\\BF\|\'", "\'\|$species\|\'", "\'\'", 
     1009                                                   "\'http://plugins.gnf.org/cgi-bin/wp.cgi?id=~\'", "\'\'", 
     1010                                                   "\'http://en.wikipedia.org/wiki/Portal:Gene_Wiki\'"], 
     1011                                      'HEADER' => ['ID VARCHAR(128) NOT NULL DEFAULT \'\'', 
     1012                                                   'Symbol VARCHAR(128) NOT NULL DEFAULT \'\'', 
     1013                                                   'Synonyms VARCHAR(255) DEFAULT NULL', 
     1014                                                   'PRIMARY KEY (ID)' 
     1015                                                   ]); 
    10061016 
    10071017 
    … …  
    16741684                ++$subcount{EntrezGene}; 
    16751685            } 
     1686            ## Use Entrez Gene IDs to fill GeneWiki tables 
     1687            if (!${$seen{GeneWiki}{$dbe_primary_id}}++){ 
     1688                $$GeneTables{GeneWiki}{$count.$dot.$subcount{GeneWiki}} = [$dbe_primary_id, $dbe_display_id, $dbe_syns]; 
     1689                $$Ensembl_GeneTables{GeneWiki}{$count.$dot.$subcount{GeneWiki}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
     1690                #process Attributes 
     1691                ## SKIP THIS STEP: too much information 
     1692                ++$subcount{GeneWiki}; 
     1693            } 
     1694 
    16761695        } 
    16771696        elsif ($dbe_dbname =~ /^\'Uniprot/i){ #catch all types 
    … …  
    17491768        } 
    17501769 
    1751 #       elsif ($dbe_dbname =~ /^\'AFFY/i){  #catch all types 
    1752 #           $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected 
    1753 #           if (!${$seen{Affy}{$dbe_primary_id}}++){ 
    1754 #               $$GeneTables{Affy}{$count.$dot.$subcount{Affy}} = [$dbe_primary_id, $dbe_dbname]; 
    1755 #               $$Ensembl_GeneTables{Affy}{$count.$dot.$subcount{Affy}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
    1756 #               ++$subcount{Affy}; 
    1757 #           } 
    1758 #       } 
    1759 #       elsif ($dbe_dbname =~ /^\'Agilent/i){  #catch all types 
    1760 #           $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected 
    1761 #           if (!${$seen{Agilent}{$dbe_primary_id}}++){ 
    1762 #               $$GeneTables{Agilent}{$count.$dot.$subcount{Agilent}} = [$dbe_primary_id, $dbe_dbname]; 
    1763 #               $$Ensembl_GeneTables{Agilent}{$count.$dot.$subcount{Agilent}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
    1764 #               ++$subcount{Agilent}; 
    1765 #           } 
    1766 #       } 
    1767 #       elsif ($dbe_dbname =~ /^\'Illumina/i){ #catch all types   
    1768 #           $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected 
    1769 #           if (!${$seen{Illumina}{$dbe_primary_id}}++){ 
    1770 #               $$GeneTables{Illumina}{$count.$dot.$subcount{Illumina}} = [$dbe_primary_id, $dbe_dbname, $dbe_description]; 
    1771 #               $$Ensembl_GeneTables{Illumina}{$count.$dot.$subcount{Illumina}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
    1772 #               ++$subcount{Illumina}; 
    1773 #           } 
    1774 #       } 
     1770        elsif ($dbe_dbname =~ /^\'AFFY/i){  #catch all types 
     1771            $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected 
     1772            if (!${$seen{Affy}{$dbe_primary_id}}++){ 
     1773                $$GeneTables{Affy}{$count.$dot.$subcount{Affy}} = [$dbe_primary_id, $dbe_dbname]; 
     1774                $$Ensembl_GeneTables{Affy}{$count.$dot.$subcount{Affy}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
     1775                ++$subcount{Affy}; 
     1776            } 
     1777        } 
     1778        elsif ($dbe_dbname =~ /^\'Agilent/i){  #catch all types 
     1779            $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected 
     1780            if (!${$seen{Agilent}{$dbe_primary_id}}++){ 
     1781                $$GeneTables{Agilent}{$count.$dot.$subcount{Agilent}} = [$dbe_primary_id, $dbe_dbname]; 
     1782                $$Ensembl_GeneTables{Agilent}{$count.$dot.$subcount{Agilent}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
     1783                ++$subcount{Agilent}; 
     1784            } 
     1785        } 
     1786        elsif ($dbe_dbname =~ /^\'Illumina/i){ #catch all types   
     1787            $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected 
     1788            if (!${$seen{Illumina}{$dbe_primary_id}}++){ 
     1789                $$GeneTables{Illumina}{$count.$dot.$subcount{Illumina}} = [$dbe_primary_id, $dbe_dbname, $dbe_description]; 
     1790                $$Ensembl_GeneTables{Illumina}{$count.$dot.$subcount{Illumina}} = [$gene_stable_id, $dbe_primary_id]; 
     1791                ++$subcount{Illumina}; 
     1792            } 
     1793        } 
    17751794        elsif ($dbe_dbname =~ /^\'cint\'$/i){   
    17761795            $ADMIN_Xrefs{$dbe_dbname}[10] = "\'Y\'"; # collected