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05/16/10 00:28:39 (2 years ago)
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AlexanderPico
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  • trunk/dbbuilder/src/org/bridgedb/build/scripts/PathVisioMySQL_BUILD.sql.template

    r284 r354  
    44 
    55##Copy Ensembl annotations (Description, Chr) to EntrezGene 
    6 USE XXXXXX_CS_YYYYYY; 
     6USE genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY; 
    77#drop index index_id_right on link; 
    88create index index_id_right on link (ID_Right); 
    … …  
    3333 
    3434##Create database 
    35 DROP DATABASE IF EXISTS XXXXXX_Derby_YYYYYY; 
    36 CREATE DATABASE XXXXXX_Derby_YYYYYY; 
    37 USE XXXXXX_Derby_YYYYYY; 
     35DROP DATABASE IF EXISTS genmapp_XXXXXX_Derby_YYYYYY; 
     36CREATE DATABASE genmapp_XXXXXX_Derby_YYYYYY; 
     37USE genmapp_XXXXXX_Derby_YYYYYY; 
    3838 
    3939## Create 'datanode' 
    … …  
    7474## Fill 'info' 
    7575INSERT INTO info  
    76 SELECT XXXXXX_CS_YYYYYY.Info.Version, '3', 'Ensembl', XXXXXX_CS_YYYYYY.Info.Notes, XXXXXX_CS_YYYYYY.Info.Species, 'GeneProduct'  
    77 FROM XXXXXX_CS_YYYYYY.Info; 
     76SELECT genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.Info.Version, '3', 'Ensembl', genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.Info.Notes, genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.Info.Species, 'GeneProduct'  
     77FROM genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.Info; 
    7878 
    7979## Fill 'attribute' 
    … …  
    8181#symbol 
    8282INSERT INTO attribute 
    83 SELECT DISTINCT XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.ID, XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Code,  
    84 XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Name, XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Value 
    85 FROM XXXXXX_CS_YYYYYY.attr 
    86 WHERE XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Value != ''; 
     83SELECT DISTINCT genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.ID, genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Code,  
     84genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Name, genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Value 
     85FROM genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.attr 
     86WHERE genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.attr.Value != ''; 
    8787 
    8888## Fill 'datanode' 
    8989## From CS Database 
    9090INSERT INTO datanode 
    91 SELECT XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.ID, XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.Code 
    92 FROM XXXXXX_CS_YYYYYY.gene 
    93 WHERE XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.ID != ''  
    94 AND XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.Code IN ("EnXXXXXX","Mb","L","X","Il","Ag","Q","Om","U","Rf","S","Ip","T","Pd","H","M","R","D","Z","F","W","Gg","A","Ti","Ir","N","Uc","Pl","Gm","Bg","Ec","Wg"); 
     91SELECT genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.ID, genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.Code 
     92FROM genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.gene 
     93WHERE genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.ID != ''  
     94AND genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.gene.Code IN ("EnXXXXXX","Mb","L","X","Il","Ag","Q","Om","U","Rf","S","Ip","T","Pd","H","M","R","D","Z","F","W","Gg","A","Ti","Ir","N","Uc","Pl","Gm","Bg","Ec","Wg"); 
    9595 
    9696## Fill 'link' 
    … …  
    9898INSERT INTO link 
    9999SELECT DISTINCT * 
    100 FROM XXXXXX_CS_YYYYYY.link 
    101 WHERE XXXXXX_CS_YYYYYY.link.Code_Right IN ("EnXXXXXX","Mb","L","X","Il","Ag","Q","Om","U","Rf","S","Ip","T","Pd","H","M","R","D","Z","F","W","Gg","A","Ti","Ir","N","Uc","Pl","Gm","Bg","Ec","Wg"); 
     100FROM genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.link 
     101WHERE genmapp_XXXXXX_CS_YYYYYY.link.Code_Right IN ("EnXXXXXX","Mb","L","X","Il","Ag","Q","Om","U","Rf","S","Ip","T","Pd","H","M","R","D","Z","F","W","Gg","A","Ti","Ir","N","Uc","Pl","Gm","Bg","Ec","Wg"); 
    102102 
    103 ##Add EnXXXXXXsembl IDs to right side of 'link' table 
     103##Add Ensembl IDs to right side of 'link' table 
    104104INSERT INTO link 
    105105SELECT datanode.id, "EnXXXXXX", datanode.id, "EnXXXXXX"