Changeset 323

Show
Ignore:
Timestamp:
03/03/10 13:38:55 (5 months ago)
Author:
martijn
Message:

Added WikiPathways?, removed urn:bridgedb urns. Fixes #46 and #50.

Files:
1 modified

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/resources/datasources.txt

    r306 r323  
    11TAIR    A       http://www.arabidopsis.org/             AT1G35255       gene    Arabidopsis thaliana    1       urn:miriam:tair.locus 
    2 Agilent Ag                      A_24_P98555     probe           0       urn:bridgedb:agilent 
     2Agilent Ag                      A_24_P98555     probe           0       Ag 
    33BioGrid Bg      http://www.thebiogrid.org/                      probe           0       urn:miriam:biogrid 
    4 Cint    C                               probe           0       urn:bridgedb:cint 
    5 CAS     Ca              http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/direct.jsp?regno=$ID             metabolite              1       urn:bridgedb:cas 
    6 CCDS    Cc              http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=ALLFIELDS&DATA=$ID      CCDS43989       probe           0       urn:bridgedb:ccds 
     4Cint    C                               probe           0       C 
     5CAS     Ca              http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/direct.jsp?regno=$ID             metabolite              1       Ca 
     6CCDS    Cc              http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=ALLFIELDS&DATA=$ID      CCDS43989       probe           0       Cc 
    77ChEBI   Ce              http://www.ebi.ac.uk/chebi/searchId=CHEBI:$ID           metabolite              1       urn:miriam:obo.chebi 
    88HMDB    Ch      http://www.hmdb.ca/     http://www.hmdb.ca/metabolites/$ID      HMDB00001       metabolite              1       urn:miriam:hmdb 
    99Kegg Compound   Ck              http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:$ID         metabolite              1       urn:miriam:kegg.compound 
    1010PubChem Cp      http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/        http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=$ID             metabolite              1       urn:miriam:pubchem.compound 
    11 Chemspider      Cs      http://www.chemspider.com/      http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.$ID.html           metabolite              1       urn:bridgedb:chemspider 
     11Chemspider      Cs      http://www.chemspider.com/      http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.$ID.html           metabolite              1       Cs 
    1212SGD     D       http://www.yeastgenome.org/     http://db.yeastgenome.org/cgi-bin/locus.pl?locus=$ID    CUP1-2  gene    Saccharomyces cerevisiae        1       urn:miriam:sgd 
    1313EC Number       E       http://www.brenda-enzymes.info/ http://www.brenda-enzymes.info/php/result_flat.php4?ecno=$ID    2.7.1.71        gene            1       urn:miriam:brenda 
    14 Ecoli   Ec                              gene    Escherichia coli        1       urn:bridgedb:ecoli 
     14Ecoli   Ec                              gene    Escherichia coli        1       Ec 
    1515EMBL    Em      http://www.ebi.ac.uk/embl       http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/emblfetch?style=html&id=$ID        AL030996        gene            1       urn:miriam:insdc 
    1616Ensembl En      http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?_q=$ID       ENSG00000139618 gene            0       urn:miriam:ensembl 
    17 Ensembl Mosquito        EnAg    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Anopheles_gambiae/Gene/Summary?_q=$ID    AGAP006864      gene    Anopheles gambiae       1       urn:bridgedb:ensembl.mosquito 
    18 Gramene Arabidopsis     EnAt    http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/Arabidopsis_thaliana/Gene/Summary?g=$ID  ATMG01360-TAIR-G        gene    Arabidopsis thaliana    1       urn:bridgedb:ensembl.arabidopsis 
    19 Ensembl B. subtilis     EnBs    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Bacillus/B_subtilis/Gene/Summary?g=$ID      EBBACG00000000013       gene    Bacillus subtilis       1       urn:bridgedb:ensembl.bsubtilis 
    20 Ensembl Cow     EnBt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Bos_taurus/Gene/Summary?g=$ID    ENSBTAG00000043548      gene    Bos taurus      1       urn:bridgedb:ensembl.cow 
    21 Ensembl C. elegans      EnCe    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Caenorhabditis_elegans/Gene/Summary?g=$ID        Y42H9B.1        gene    Caenorhabditis elegans  1       urn:bridgedb:ensembl.celegans 
    22 Ensembl Dog     EnCf    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Canis_familiaris/Gene/Summary?g=$ID      ENSCAFG00000025860      gene    Canis familiaris        1       urn:bridgedb:ensembl.dog 
    23 Ensembl Fruitfly        EnDm    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Drosophila_melanogaster/Gene/Summary?g=$ID       FBgn0032956     gene    Drosophila melanogaster 1       urn:bridgedb:ensembl.fruitfly 
    24 Ensembl Zebrafish       EnDr    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Danio_rerio/Gene/Summary?g=$ID   ENSDARG00000024771      gene    Danio rerio     1       urn:bridgedb:ensembl.zebrafish 
    25 Ensembl E. coli EnEc    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Escherichia_Shigella/E_coli_K12/Gene/Summary?g=$ID  EBESCG00000000010       gene    Escherichia coli        1       urn:bridgedb:ensembl.ecoli 
    26 Ensembl Chicken EnGg    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Gallus_gallus/Gene/Summary?g=$ID ENSGALG00000021736      gene    Gallus gallus   1       urn:bridgedb:ensembl.chicken 
    27 Ensembl Human   EnHs    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=$ID  ENSG00000139618 gene    Homo sapiens    1       urn:bridgedb:ensembl.human 
    28 Ensembl Mouse   EnMm    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Summary?g=$ID  ENSMUSG00000017167      gene    Mus musculus    1       urn:bridgedb:ensembl.mouse 
    29 Gramene Rice    EnOj    http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/Oryza_sativa_japonica/Gene/Summary?db=core;g=$ID osa-MIR171a     gene    Oryza sativa    1       urn:bridgedb:ensembl.rice 
    30 Ensembl Chimp   EnPt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Pan_troglodytes/Gene/Summary?g=$ID       ENSPTRG00000036034      gene    Pan troglodytes 1       urn:bridgedb:ensembl.chimp 
    31 Ensembl Horse   EnQc    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Equus_caballus/Gene/Summary?g=$ID        ENSECAG00000026160      gene    Equus caballus  1       urn:bridgedb:ensembl.horse 
    32 Ensembl Rat     EnRn    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Gene/Summary?g=$ID     ENSRNOG00000016648      gene    Rattus norvegicus       1       urn:bridgedb:ensembl.rat 
    33 Ensembl Yeast   EnSc    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Saccharomyces_cerevisiae/Gene/Summary?g=$ID      YGR147C gene    Saccharomyces cerevisiae        1       urn:bridgedb:ensembl.yeast 
    34 Ensembl Xenopus EnXt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Xenopus_tropicalis/Gene/Summary?g=$ID    ENSXETG00000029448      gene    Xenopus tropicalis      1       urn:bridgedb:ensembl.frog 
    35 Gramene Maize   EnZm    http://www.ensembl.org  http://www.maizesequence.org/Zea_mays/Gene/Summary?g=$ID        GRMZM2G174107   gene    Zea mays        1       urn:bridgedb:ensembl.maize 
     17Ensembl Mosquito        EnAg    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Anopheles_gambiae/Gene/Summary?_q=$ID    AGAP006864      gene    Anopheles gambiae       1       EnAg 
     18Gramene Arabidopsis     EnAt    http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/Arabidopsis_thaliana/Gene/Summary?g=$ID  ATMG01360-TAIR-G        gene    Arabidopsis thaliana    1       EnAt 
     19Ensembl B. subtilis     EnBs    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Bacillus/B_subtilis/Gene/Summary?g=$ID      EBBACG00000000013       gene    Bacillus subtilis       1       EnBs 
     20Ensembl Cow     EnBt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Bos_taurus/Gene/Summary?g=$ID    ENSBTAG00000043548      gene    Bos taurus      1       EnBt 
     21Ensembl C. elegans      EnCe    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Caenorhabditis_elegans/Gene/Summary?g=$ID        Y42H9B.1        gene    Caenorhabditis elegans  1       EnCe 
     22Ensembl Dog     EnCf    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Canis_familiaris/Gene/Summary?g=$ID      ENSCAFG00000025860      gene    Canis familiaris        1       EnCf 
     23Ensembl Fruitfly        EnDm    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Drosophila_melanogaster/Gene/Summary?g=$ID       FBgn0032956     gene    Drosophila melanogaster 1       EnDm 
     24Ensembl Zebrafish       EnDr    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Danio_rerio/Gene/Summary?g=$ID   ENSDARG00000024771      gene    Danio rerio     1       EnDr 
     25Ensembl E. coli EnEc    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Escherichia_Shigella/E_coli_K12/Gene/Summary?g=$ID  EBESCG00000000010       gene    Escherichia coli        1       EnEc 
     26Ensembl Chicken EnGg    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Gallus_gallus/Gene/Summary?g=$ID ENSGALG00000021736      gene    Gallus gallus   1       EnGg 
     27Ensembl Human   EnHs    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=$ID  ENSG00000139618 gene    Homo sapiens    1       EnHs 
     28Ensembl Mouse   EnMm    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Summary?g=$ID  ENSMUSG00000017167      gene    Mus musculus    1       EnMm 
     29Gramene Rice    EnOj    http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/Oryza_sativa_japonica/Gene/Summary?db=core;g=$ID osa-MIR171a     gene    Oryza sativa    1       EnOj 
     30Ensembl Chimp   EnPt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Pan_troglodytes/Gene/Summary?g=$ID       ENSPTRG00000036034      gene    Pan troglodytes 1       EnPt 
     31Ensembl Horse   EnQc    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Equus_caballus/Gene/Summary?g=$ID        ENSECAG00000026160      gene    Equus caballus  1       EnQc 
     32Ensembl Rat     EnRn    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Gene/Summary?g=$ID     ENSRNOG00000016648      gene    Rattus norvegicus       1       EnRn 
     33Ensembl Yeast   EnSc    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Saccharomyces_cerevisiae/Gene/Summary?g=$ID      YGR147C gene    Saccharomyces cerevisiae        1       EnSc 
     34Ensembl Xenopus EnXt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Xenopus_tropicalis/Gene/Summary?g=$ID    ENSXETG00000029448      gene    Xenopus tropicalis      1       EnXt 
     35Gramene Maize   EnZm    http://www.ensembl.org  http://www.maizesequence.org/Zea_mays/Gene/Summary?g=$ID        GRMZM2G174107   gene    Zea mays        1       EnZm 
    3636FlyBase F               http://flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?$ID      FBgn0031208     gene    Drosophila melanogaster 1       urn:miriam:flybase 
    37 GenBank G                               probe           0       urn:bridgedb:genbank 
    38 CodeLink        Ge                      GE86325 probe           0       urn:bridgedb:codelink 
    39 Gramene Genes DB        Gg      http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/genes/search_gene?acc=$ID     GR:0060184      gene            1       urn:bridgedb:gramene.gene 
    40 Gramene Literature      Gl      http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/literature/pub_search?ref_id=$ID      6200    probe           0       urn:bridgedb:gramene.literature 
    41 GenPept Gp                      AAH72400        probe           0       urn:bridgedb:genpept 
    42 Gramene Pathway Gp      http://www.gramene.org/pathway          PROTEIN-KINASE-RXN      probe           0       urn:bridgedb:gramene.pathway 
     37GenBank G                               probe           0       G 
     38CodeLink        Ge                      GE86325 probe           0       Ge 
     39Gramene Genes DB        Gg      http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/genes/search_gene?acc=$ID     GR:0060184      gene            1       Gg 
     40Gramene Literature      Gl      http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/literature/pub_search?ref_id=$ID      6200    probe           0       Gl 
     41GenPept Gp                      AAH72400        probe           0       Gp 
     42Gramene Pathway Gp      http://www.gramene.org/pathway          PROTEIN-KINASE-RXN      probe           0       Gp 
    4343HUGO    H       http://www.genenames.org/       http://www.genenames.org/data/hgnc_data.php?hgnc_id=$ID 25068   gene    Homo sapiens    1       urn:miriam:hgnc 
    44 HsGene  Hs                              gene    Homo sapiens    1       urn:bridgedb:hsgene 
     44HsGene  Hs                              gene    Homo sapiens    1       Hs 
    4545InterPro        I       http://www.ebi.ac.uk/interpro   http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=$ID             domain          0       urn:miriam:interpro 
    46 Illumina        Il                      ILMN_5668       probe           0       urn:bridgedb:illumina 
    47 IPI     Ip              http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[IPI-acc:$ID]      IPI00020529     probe           0       urn:miriam:IPI 
    48 IRGSP Gene      Ir      http://rgp.dna.affrc.go.jp/IRGSP/               Os12g0561000    gene            1       urn:bridgedb:irgsp 
     46Illumina        Il                      ILMN_5668       probe           0       Il 
     47IPI     Ip              http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[IPI-acc:$ID]      IPI00020529     probe           0       Ip 
     48IRGSP Gene      Ir      http://rgp.dna.affrc.go.jp/IRGSP/               Os12g0561000    gene            1       Ir 
    4949Entrez Gene     L       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=$ID       1232    gene            1       urn:miriam:entrez.gene 
    5050MGI     M       http://www.informatics.jax.org/ http://www.informatics.jax.org/searches/accession_report.cgi?id=$ID     MGI:2687328     gene    Mus musculus    1       urn:miriam:mgd 
    51 miRBase Mb              http://microrna.sanger.ac.uk/cgi-bin/sequences/mirna_entry.pl?acc=$ID   MI0000808       gene            1       urn:bridgedb:mirbase 
    52 MaizeGDB        Mg              http://www.maizegdb.org/cgi-bin/displaylocusresults.cgi?term=$ID        acc1    gene    Zea mays        1       urn:bridgedb:maizegdb 
    53 NASC Gene       N                       ATMG00960-TAIR-G        gene    Arabidopsis thaliana    1       urn:bridgedb:nasc.gene 
    54 NuGO wiki       Nw              http://wiki.nugo.org/index.php/$ID      HMDB00001       probe           0       urn:bridgedb:nugo.wiki 
    55 Other   O                               gene            1       urn:bridgedb:other 
    56 Oryzabase       Ob      http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase      http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/gateway/gatewayAction.do?target=symbol&id=$ID        468     gene    Oryza sativa    1       urn:bridgedb:oryzabase 
     51miRBase Mb              http://microrna.sanger.ac.uk/cgi-bin/sequences/mirna_entry.pl?acc=$ID   MI0000808       gene            1       Mb 
     52MaizeGDB        Mg              http://www.maizegdb.org/cgi-bin/displaylocusresults.cgi?term=$ID        acc1    gene    Zea mays        1       Mg 
     53NASC Gene       N                       ATMG00960-TAIR-G        gene    Arabidopsis thaliana    1       N 
     54NuGO wiki       Nw              http://wiki.nugo.org/index.php/$ID      HMDB00001       probe           0       Nw 
     55Other   O                               gene            1       O 
     56Oryzabase       Ob      http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase      http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/gateway/gatewayAction.do?target=symbol&id=$ID        468     gene    Oryza sativa    1       Ob 
    5757OMIM    Om      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM&cmd=Search&doptcmdl=Detailed&term=?$ID    608981  probe           0       urn:miriam:OMIM 
    58 Rice Ensembl Gene       Os      http://www.gramene.org/Oryza_sativa     http://www.gramene.org/Oryza_sativa/geneview?gene=$ID   LOC_Os04g54800  gene    Oryza sativa    1       urn:bridgedb:gramene.rice 
     58Rice Ensembl Gene       Os      http://www.gramene.org/Oryza_sativa     http://www.gramene.org/Oryza_sativa/geneview?gene=$ID   LOC_Os04g54800  gene    Oryza sativa    1       Os 
    5959PDB     Pd      http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do    http://bip.weizmann.ac.il/oca-bin/ocashort?id=$ID       2Z17    gene            1       urn:miriam:pdb 
    6060Pfam    Pf      http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam   http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?$ID                gene            1       urn:miriam:pfam 
    61 PlantGDB        Pl      http://www.plantgdb.org/                PUT-157a-Vitis_vinifera-37378   gene            1       urn:bridgedb:plantgdb 
     61PlantGDB        Pl      http://www.plantgdb.org/                PUT-157a-Vitis_vinifera-37378   gene            1       Q 
    6262RefSeq  Q       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein&cmd=search&term=$ID    NM_001054966    gene            1       urn:miriam:refseq 
    6363RGD     R       http://rgd.mcw.edu/     http://rgd.mcw.edu/generalSearch/RgdSearch.jsp?quickSearch=1&searchKeyword=$ID  1587276 gene    Rattus norvegicus       1       urn:miriam:rgd 
    64 Rfam    Rf              http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Rfam/getacc?$ID RF00066 gene            1       urn:bridgedb:rfam 
     64Rfam    Rf              http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Rfam/getacc?$ID RF00066 gene            1       Rf 
    6565Uniprot/TrEMBL  S       http://www.expasy.uniprot.org/  http://www.expasy.org/uniprot/$ID       P57770  protein         1       urn:miriam:uniprot 
    66 dbSNP   Sn                              gene            1       urn:bridgedb:dbsnp 
     66dbSNP   Sn                              gene            1       Sn 
    6767GeneOntology    T       http://www.geneontology.org/    http://godatabase.org/cgi-bin/go.cgi?view=details&search_constraint=terms&depth=0&query=$ID     GO:0005634      probe           0       urn:miriam:obo.go 
    68 TIGR    Ti      http://www.jcvi.org/            12012.t00308    gene            1       urn:bridgedb:tigr 
    69 UniGene U       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unigene     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?UGID=1548618&SEARCH=$ID   Hs.553708       gene            1       urn:bridgedb:unigene 
    70 UCSC Genome Browser     Uc      http://genome.ucsc.edu/ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=$ID    uc001tyh.1      gene            1       urn:bridgedb:ucsc 
     68TIGR    Ti      http://www.jcvi.org/            12012.t00308    gene            1       Ti 
     69UniGene U       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unigene     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?UGID=1548618&SEARCH=$ID   Hs.553708       gene            1       U 
     70UCSC Genome Browser     Uc      http://genome.ucsc.edu/ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=$ID    uc001tyh.1      gene            1       Uc 
    7171WormBase        W       http://www.wormbase.org http://www.wormbase.org/db/gene/gene?name=$ID   T24D1.1 gene    Caenorhabditis elegans  1       urn:miriam:wormbase 
    72 Wheat gene catalog      Wc      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/sql?sql=select+distinct+genewgcreference.number+as+WGC,+reference.name+as+Reference,+reference.title+as+Title,+journal.name+as+Journal,+reference.volume+as+Volume,+reference.pages+as+Page+from+reference+inner+join+genewgcreference+on+genewgcreference.referenceid=reference.id+inner+join+journal+on+reference.journalid=journal.id+where+genewgcreference.number=$ID     341     gene    Triticum aestivum       1       urn:bridgedb:wheat.gene.catalog 
    73 Wikipedia       Wi      http://www.wikipedia.org        http://en.wikipedia.org/wiki/$ID        Acetate metabolite              1       urn:bridgedb:wikipedia 
    74 Wheat gene names        Wn      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/report?class=gene;name=$ID     5S-Rrna-D1_(Triticum)   gene    Triticum aestivum       1       urn:bridgedb:wheat.gene.names 
    75 Wheat gene refs Wr      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/cgi-bin/graingenes/report.cgi?class=reference&name=$ID WGS-95-1333     probe   Triticum aestivum       0       urn:bridgedb:wheat.gene.refs 
    76 Affy    X       http://www.affymetrix.com/      http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Results?species=all;feature=OligoProbe;q=$ID 1851_s_at       probe           0       urn:bridgedb:affymetrix 
     72Wheat gene catalog      Wc      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/sql?sql=select+distinct+genewgcreference.number+as+WGC,+reference.name+as+Reference,+reference.title+as+Title,+journal.name+as+Journal,+reference.volume+as+Volume,+reference.pages+as+Page+from+reference+inner+join+genewgcreference+on+genewgcreference.referenceid=reference.id+inner+join+journal+on+reference.journalid=journal.id+where+genewgcreference.number=$ID     341     gene    Triticum aestivum       1       Wc 
     73Wikipedia       Wi      http://www.wikipedia.org        http://en.wikipedia.org/wiki/$ID        Acetate metabolite              1       Wi 
     74Wheat gene names        Wn      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/report?class=gene;name=$ID     5S-Rrna-D1_(Triticum)   gene    Triticum aestivum       1       Wn 
     75WikiPathways    Wp      http://www.wikipathways.org     http://wikipathways.org/index.php/Pathway:$ID   WP702   pathway         0       urn:miriam:wikipathways 
     76Wheat gene refs Wr      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/cgi-bin/graingenes/report.cgi?class=reference&name=$ID WGS-95-1333     probe   Triticum aestivum       0       Wr 
     77Affy    X       http://www.affymetrix.com/      http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Results?species=all;feature=OligoProbe;q=$ID 1851_s_at       probe           0       X 
    7778ZFIN    Z       http://zfin.org http://zfin.org/cgi-bin/webdriver?MIval=aa-markerview.apg&OID=$ID       ZDB-GENE-041118-11      gene    Danio rerio     1       urn:miriam:zfin