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12D-PAGE protein         http://2dbase.techfak.uni-bielefeld.de/ http://2dbase.techfak.uni-bielefeld.de/cgi-bin/2d/2d.cgi?ac=$id P39172                  1       urn:miriam:2d-page.protein      ^([A-N,R-Z][0-9][A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])$      2D-PAGE protein
23DMET           http://www.3dmet.dna.affrc.go.jp/       http://www.3dmet.dna.affrc.go.jp/html/$id.html  B00162  metabolite              1       urn:miriam:3dmet        ^B\d{5}$        3DMET
3Aclame          http://aclame.ulb.ac.be/        http://aclame.ulb.ac.be/perl/Aclame/Genomes/mge_view.cgi?view=info&id=$id       mge:2   gene            1       urn:miriam:aclame       ^mge:\d+$       Aclame
4Affy    X       http://www.affymetrix.com/      http://www.ensembl.org/common/Lucene/Results?species=all;feature=OligoProbe;q=$id       1851_s_at       probe           0       X       .+_at   
5AGD             http://agd.vital-it.ch/ http://agd.vital-it.ch/Ashbya_gossypii/geneview?gene=$id        AGR144C                 1       urn:miriam:agd  ^ARG\w+$        AGD
6Agilent Ag                      A_24_P98555     probe           0       Ag      A_\d+_.+       
7AmoebaDB                http://amoebadb.org/amoeba/     http://amoebadb.org/amoeba/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id   EDI_244000                      1       urn:miriam:amoebadb     ^EDI_\d+$       AmoebaDB
8Anatomical Therapeutic Chemical         http://www.whocc.no/atc_ddd_index/      http://www.whocc.no/atc_ddd_index/?code=$id     A10BA02 metabolite              1       urn:miriam:atc  ^\w(\d+)?(\w{1,2})?(\d+)?$      Anatomical Therapeutic Chemical
9AntWeb          http://www.antweb.org/  http://www.antweb.org/specimen.do?name=$id      casent0106247                   1       urn:miriam:antweb       ^casent\d+$     AntWeb
10ArachnoServer           http://www.arachnoserver.org/   http://www.arachnoserver.org/toxincard.html?id=$id      AS000060                        1       urn:miriam:arachnoserver        ^AS\d{6}$       ArachnoServer
11ArrayExpress            http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/      http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/$id       E-MEXP-1712     experiment              1       urn:miriam:arrayexpress ^[AEP]-\w{4}-\d+$       ArrayExpress
12arXiv           http://arxiv.org/       http://arxiv.org/abs/$id        0807.4956v1     publication             1       urn:miriam:arxiv        ^(\w+(\-\w+)?(\.\w+)?/)?\d{4,7}(\.\d{4}(v\d+)?)?$       arXiv
13BDGP insertion DB               http://flypush.imgen.bcm.tmc.edu/pscreen/       http://flypush.imgen.bcm.tmc.edu/pscreen/details.php?line=$id   KG09531                 1       urn:miriam:BDGP.insertion       ^\w+$   BDGP insertion DB
14BeetleBase              http://beetlebase.org/  http://beetlebase.org/cgi-bin/gbrowse/BeetleBase3.gff3/?name=$id        TC010103                        1       urn:miriam:beetlebase   ^TC\d+$ BeetleBase
15BIND            http://www.bind.ca/     http://www.bind.ca/Action?identifier=bindid&idsearch=$id                pathway         1       urn:miriam:bind ^\d+$   BIND
16BioCatalogue            http://www.biocatalogue.org/    http://www.biocatalogue.org/services/$id        614                     1       urn:miriam:biocatalogue.service ^\d+$   BioCatalogue
17BioCyc          http://biocyc.org       http://biocyc.org/getid?id=$id  ECOLI:CYT-D-UBIOX-CPLX                  1       urn:miriam:biocyc       ^\w+$   BioCyc
18BioCyc  Bc      http://www.biocyc.org   http://www.biocyc.org/getid?id=$id      EcoCyc:MON0-2657        gene            1       Bc      (Meta|Eco)Cyc:.+       
19BioGrid Bg      http://www.thebiogrid.org/index.php     http://www.thebiogrid.org/SearchResults/summary/$id     31623   probe           1       urn:miriam:biogrid      ^\d+$   BioGRID
20BioModels Database              http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ http://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/$id BIOMD0000000048 pathway         1       urn:miriam:biomodels.db ^(BIOMD|MODEL)\d{10}$   BioModels Database
21BioNumbers              http://www.bionumbers.hms.harvard.edu/search.aspx       http://www.bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?s=y&id=$id&ver=1   104674  experiment              1       urn:miriam:bionumbers   ^\d+$   BioNumbers
22BioPortal               http://bioportal.bioontology.org/       http://bioportal.bioontology.org/ontologies/$id 1046                    1       urn:miriam:bioportal    ^\d+$   BioPortal
23BioSystems              http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/$id      001     pathway         1       urn:miriam:biosystems   ^\d+$   BioSystems
24BOLD Taxonomy           http://www.boldsystems.org/     http://www.boldsystems.org/views/taxbrowser.php?taxid=$id       27267                   1       urn:miriam:bold.taxonomy        ^\d+$   BOLD Taxonomy
25Brenda Tissue Ontology          http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        BTO:0000146     ontology                1       urn:miriam:obo.bto      ^BTO:\d{7}$     Brenda Tissue Ontology
26Candida Genome Database         http://www.candidagenome.org/   http://www.candidagenome.org/cgi-bin/locus.pl?dbid=$id  CAL0003079                      1       urn:miriam:cgd  ^CAL\d{7}$      Candida Genome Database
27CAS     Ca              http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/direct.jsp?regno=$id             metabolite              1       Ca      \d+-\d+-\d+     
28CATH domain             http://www.cathdb.info/ http://www.cathdb.info/domain/$id       1cukA01                 1       urn:miriam:cath.domain  ^\w+$   CATH domain
29CATH superfamily                http://www.cathdb.info/ http://www.cathdb.info/cathnode/$id     1.10.10.200                     1       urn:miriam:cath.superfamily     ^\d+\.\d+\.\d+\.\d+     CATH superfamily
30CAZy            http://www.cazy.org/    http://www.cazy.org/$id.html    GT10                    1       urn:miriam:cazy ^GT\d+$ CAZy
31CCDS    Cc              http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=ALLFIELDS&DATA=$id      CCDS43989       probe           0       Cc             
32Cell Cycle Ontology             http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        CCO:P0000023                    1       urn:miriam:cco  ^CCO\:\w+$      Cell Cycle Ontology
33Cell Ontology           http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        CL:0000232      ontology                1       urn:miriam:obo.clo      ^CL:\d{7}$      Cell Type Ontology
34ChEBI   Ce      http://www.ebi.ac.uk/chebi/     http://www.ebi.ac.uk/chebi/searchId.do?chebiId=$id      CHEBI:36927     metabolite              1       urn:miriam:obo.chebi    ^CHEBI:\d+$     ChEBI
35ChemBank                http://chembank.broadinstitute.org/     http://chembank.broadinstitute.org/chemistry/viewMolecule.htm?cbid=$id  1000000                 1       urn:miriam:chembank     ^\d+$   ChemBank
36ChEMBL compound         https://www.ebi.ac.uk/chembldb/ https://www.ebi.ac.uk/chembldb/index.php/compound/inspect/$id   CHEMBL308052    metabolite              1       urn:miriam:chembl.compound      ^CHEMBL\d+$     ChEMBL compound
37ChEMBL target           https://www.ebi.ac.uk/chembldb/ https://www.ebi.ac.uk/chembldb/index.php/target/inspect/$id     CHEMBL3467      protein         1       urn:miriam:chembl.target        ^CHEMBL\d+$     ChEMBL target
38Chemical Component Dictionary           http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/pdbechem/ http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/pdbechem/chemicalCompound/show/$id        AB0     ontology                1       urn:miriam:pdb-ccd      ^\w{3}$ Chemical Component Dictionary
39ChemIDplus              http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/chemidheavy.jsp  http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/direct.jsp?regno=$id     000057272       metabolite              1       urn:miriam:chemidplus   ^\d+$   ChemIDplus
40Chemspider      Cs      http://www.chemspider.com/      http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.$id.html   56586   metabolite              1       urn:miriam:chemspider   ^\d+$   ChemSpider
41Cint    C                               probe           0       C               
42ClinicalTrials.gov              http://clinicaltrials.gov/      http://clinicaltrials.gov/ct2/show/$id  NCT00222573     experiment              1                       
43ClinicalTrials.gov              http://clinicaltrials.gov/      http://clinicaltrials.gov/ct2/show/$id  NCT00222573                     1       urn:miriam:clinicaltrials       ^NCT\d{8}$      ClinicalTrials.gov
44CluSTr          http://www.ebi.ac.uk/clustr/    http://www.ebi.ac.uk/clustr-srv/CCluster?interpro=yes&cluster_varid=$id HUMAN:55140:308.6       protein         1       urn:miriam:clustr       ^[0-9A-Za-z]+:\d+:\d{1,5}(\.\d)?$       CluSTr
45CodeLink        Ge                      GE86325 probe           0       Ge             
46Compulyeast             http://compluyeast2dpage.dacya.ucm.es/  http://compluyeast2dpage.dacya.ucm.es/cgi-bin/2d/2d.cgi?ac=$id  O08709                  1       urn:miriam:compulyeast  ^([A-N,R-Z][0-9][A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])$      Compulyeast
47Conserved Domain Database               http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=cdd http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$id    cd00400 protein         1       urn:miriam:cdd  ^cd\d{5}$       Conserved Domain Database
48CryptoDB                http://cryptodb.org/cryptodb/   http://cryptodb.org/cryptodb/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id cgd7_230                        1       urn:miriam:cryptodb     ^\w+    CryptoDB
49CSA             http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/        http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/CSA/CSA_Site_Wrapper.pl?pdb=$id     1a05                    1       urn:miriam:csa  uniprot|pdb|EC code     CSA
50CTD Chemical            http://ctd.mdibl.org/   http://ctd.mdibl.org/detail.go?type=chem&acc=$id        D001151 metabolite              1       urn:miriam:ctd.chemical ^D\d+$  CTD Chemical
51CTD Disease             http://ctd.mdibl.org/   http://ctd.mdibl.org/detail.go?type=disease&db=MESH&acc=$id     D053716 ontology                1       urn:miriam:ctd.disease  ^D\d+$  CTD Disease
52CTD Gene                http://ctd.mdibl.org/   http://ctd.mdibl.org/basicQuery.go?bqCat=gene&bq=$id    101     gene            1       urn:miriam:ctd.gene     ^\d+$   CTD Gene
53CutDB           http://cutdb.burnham.org        http://cutdb.burnham.org/relation/show/$id      25782                   1       urn:miriam:pmap.cutdb   ^\d+$   CutDB
54Database of Interacting Proteins                http://dip.doe-mbi.ucla.edu/    http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/DIPview.cgi?ID=$id      DIP-743N        protein         1       urn:miriam:dip  ^DIP[\:\-]\d{3}[EN]$    Database of Interacting Proteins
55Database of Quantitative Cellular Signaling: Model              http://doqcs.ncbs.res.in/       http://doqcs.ncbs.res.in/template.php?&y=accessiondetails&an=$id        57      pathway         1       urn:miriam:doqcs.model  ^\d+$   Database of Quantitative Cellular Signaling: Model
56Database of Quantitative Cellular Signaling: Pathway            http://doqcs.ncbs.res.in/       http://doqcs.ncbs.res.in/template.php?&y=pathwaydetails&pn=$id  131     pathway         1       urn:miriam:doqcs.pathway        ^\d+$   Database of Quantitative Cellular Signaling: Pathway
57dbEST           http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/$id  BP100000                        1       urn:miriam:dbest        ^BP\d+$ dbEST
58dbProbe         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=probe       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/reports/probereport.cgi?uid=$id       1000000                 1       urn:miriam:dbprobe      ^\d+$   dbProbe
59dbSNP   Sn                              gene            1       Sn             
60dbSNP           http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=snp http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=$id     121909098                       1       urn:miriam:dbsnp        ^\d+$   dbSNP
61DisProt         http://www.disprot.org/ http://www.disprot.org/protein.php?id=$id       DP00001                 1       urn:miriam:disprot      ^DP\d{5}$       DisProt
62DOI             http://www.doi.org/     http://dx.doi.org/$id   10.1038/nbt1156 publication             1       urn:miriam:doi  ^(doi\:)?\d{2}\.\d{4}/.*$       DOI
63DrugBank                http://www.drugbank.ca/ http://www.drugbank.ca/drugs/$id        DB00001 metabolite              1       urn:miriam:drugbank     ^DB\d{5}$       DrugBank
64EC Number       E       http://www.brenda-enzymes.org/  http://www.brenda-enzymes.org/php/result_flat.php4?ecno=$id     1.1.1.1 gene            1       urn:miriam:brenda       ^((\d+\.-\.-\.-)|(\d+\.\d+\.-\.-)|(\d+\.\d+\.\d+\.-)|(\d+\.\d+\.\d+\.\d+))$     BRENDA
65EchoBASE                http://www.ecoli-york.org/      http://www.ecoli-york.org/Gene.cfm?recordID=$id EB0170                  1       urn:miriam:echobase     ^EB\d+$ EchoBASE
66EcoGene         http://ecogene.org/     http://ecogene.org/geneInfo.php?eg_id=$id       EG10173                 1       urn:miriam:ecogene      ^EG\d+$ EcoGene
67Ecoli   Ec                              gene    Escherichia coli        1       Ec             
68EDAM Ontology           http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        EDAM:0001163                    1       urn:miriam:edam EDAM:\d{7}      EDAM Ontology
69eggNOG          http://eggnog.embl.de/version_3.0/      http://eggnog.embl.de/version_3.0/cgi/search.py?search_term_0=$id       veNOG12876                      1       urn:miriam:eggnog       ^\w+$   eggNOG
70EMBL    Em      http://www.ebi.ac.uk/embl/      http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+EntryPage+-e+[EMBL:$id]+-view+EmblEntry X58356  gene            1       urn:miriam:insdc        ^\w+(\_)?\d+(\.\d+)?$   Nucleotide Sequence Database
71Ensembl En      http://www.ensembl.org/ http://www.ensembl.org/id/$id   ENSG00000139618 gene            1       urn:miriam:ensembl      ^ENS[A-Z]*[FPTG]\d{11}$ Ensembl
72Ensembl B. subtilis     EnBs    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Bacillus/B_subtilis/Gene/Summary?g=$id      EBBACG00000000013       gene    Bos taurus      1       EnBs    EBBACG\d{11}   
73Ensembl Bacteria                http://bacteria.ensembl.org/    http://bacteria.ensembl.org/id/$id      EBESCT00000015660                       1       urn:miriam:ensembl.bacteria     ^EB\w+$ Ensembl Bacteria
74Ensembl C. elegans      EnCe    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Caenorhabditis_elegans/Gene/Summary?g=$id        Y42H9B.1        gene    Caenorhabditis elegans  1       EnCe           
75Ensembl Chicken EnGg    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Gallus_gallus/Gene/Summary?g=$id ENSGALG00000021736      gene    Gallus gallus   1       EnGg    ENSGALG\d{11}   
76Ensembl Chimp   EnPt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Pan_troglodytes/Gene/Summary?g=$id       ENSPTRG00000036034      gene    Pan troglodytes 1       EnPt    ENSPTRG\d{11}   
77Ensembl Cow     EnBt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Bos_taurus/Gene/Summary?g=$id    ENSBTAG00000043548      gene    Bos taurus      1       EnBt    ENSBTAG\d{11}   
78Ensembl Dog     EnCf    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Canis_familiaris/Gene/Summary?g=$id      ENSCAFG00000025860      gene    Canis familiaris        1       EnCf    ENSCAFG\d{11}   
79Ensembl E. coli EnEc    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Escherichia_Shigella/E_coli_K12/Gene/Summary?g=$id  EBESCG00000000010       gene    Escherichia coli        1       EnEc    EBESCG\d{11}   
80Ensembl Fruitfly        EnDm    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Drosophila_melanogaster/Gene/Summary?g=$id       FBgn0032956     gene    Drosophila melanogaster 1       EnDm    FBgn\d{7}       
81Ensembl Fungi           http://fungi.ensembl.org/       http://fungi.ensembl.org/id/$id CADAFLAT00006211                        1       urn:miriam:ensembl.fungi        ^\w+$   Ensembl Fungi
82Ensembl Horse   EnQc    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Equus_caballus/Gene/Summary?g=$id        ENSECAG00000026160      gene    Equus caballus  1       EnQc    ENSECAG\d{11}   
83Ensembl Human   EnHs    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=$id  ENSG00000139618 gene    Homo sapiens    1       EnHs    ENSG\d{11}     
84Ensembl M. tuberculosis EnMx    http://www.ensembl.org  http://bacteria.ensembl.org/Mycobacterium/M_tuberculosis_H37Rv/Gene/Summary?g=$id       EBMYCG00000003122       gene    Mycobacterium tuberculosis      1       EnMx    EBMYCG\d{11}   
85Ensembl Metazoa         http://metazoa.ensembl.org/     http://metazoa.ensembl.org/id/$id       FBtr0084214                     1       urn:miriam:ensembl.metazoa      ^\w+(\.)?\d+$   Ensembl Metazoa
86Ensembl Mosquito        EnAg    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Anopheles_gambiae/Gene/Summary?_q=$id    AGAP006864      gene    Anopheles gambiae       1       EnAg    AGAP\d{6}       
87Ensembl Mouse   EnMm    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Mus_musculus/Gene/Summary?g=$id  ENSMUSG00000017167      gene    Mus musculus    1       EnMm    ENSMUSG\d{11}   
88Ensembl Pig     EnSs    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Sus_scrofa/Gene/Summary?g=$id    ENSSSCG00000004244      gene    Sus scrofa      1       EnSs           
89Ensembl Plants          http://plants.ensembl.org/      http://plants.ensembl.org/id/$id        AT1G73965                       1       urn:miriam:ensembl.plant        ^\w+$   Ensembl Plants
90Ensembl Protists                http://protists.ensembl.org     http://protists.ensembl.org/id/$id      PFC0120w                        1       urn:miriam:ensembl.protist      ^\w+$   Ensembl Protists
91Ensembl Rat     EnRn    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Gene/Summary?g=$id     ENSRNOG00000016648      gene    Rattus norvegicus       1       EnRn    ENSRNOG\d{11}   
92Ensembl Xenopus EnXt    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Xenopus_tropicalis/Gene/Summary?g=$id    ENSXETG00000029448      gene    Xenopus tropicalis      1       EnXt    ENSXETG\d{11}   
93Ensembl Yeast   EnSc    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Saccharomyces_cerevisiae/Gene/Summary?g=$id      YGR147C gene    Saccharomyces cerevisiae        1       EnSc    Y[A-Z][RL]\d{3}[WC](?:\-[A-Z])?
94Ensembl Zebrafish       EnDr    http://www.ensembl.org  http://www.ensembl.org/Danio_rerio/Gene/Summary?g=$id   ENSDARG00000024771      gene    Danio rerio     1       EnDr    ENSDARG\d{11}   
95Entrez Gene     L       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=$id    100010  gene            1       urn:miriam:entrez.gene  ^\d+$   Entrez Gene
96Enzyme Nomenclature             http://www.ebi.ac.uk/intenz/    http://www.ebi.ac.uk/intenz/query?cmd=SearchEC&ec=$id   1.1.1.1 protein         1       urn:miriam:ec-code      ^\d+\.-\.-\.-|\d+\.\d+\.-\.-|\d+\.\d+\.\d+\.-|\d+\.\d+\.\d+\.(n)?\d+$   Enzyme Nomenclature
97Evidence Code           http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        ECO:0000006     ontology                1       urn:miriam:obo.eco      ECO:\d{7}$      Evidence Code Ontology
98FlyBase F       http://www.flybase.org/ http://www.flybase.org/reports/$id.html FBgn0011293     gene    Drosophila melanogaster 1       urn:miriam:flybase      ^FB\w{2}\d{7}$  FlyBase
99FMA             http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        FMA:67112       ontology                1       urn:miriam:obo.fma      ^FMA:\d+$       FMA
100GABI            http://gabi.rzpd.de/    http://gabi.rzpd.de/database/cgi-bin/GreenCards.pl.cgi?BioObjectId=$id&Mode=ShowBioObject       2679240                 1       urn:miriam:gabi ^\w+$   GABI
101Genatlas                http://genatlas.medecine.univ-paris5.fr/        http://genatlas.medecine.univ-paris5.fr/fiche.php?symbol=$id    HBB                     1       urn:miriam:genatlas     ^\w+$   Genatlas
102GenBank G                               probe           0       G       (\w\d{5})|(\w{2}\d{6})|(\w{3}\d{5})     
103Gene Wiki       Gw      http://en.wikipedia.org/wiki/Portal:Gene_Wiki   http://plugins.biogps.org/cgi-bin/wp.cgi?id=$id 1017    gene            0       Gw      \d+     
104GeneDB          http://www.genedb.org/  http://www.genedb.org/gene/$id  Cj1536c gene            1       urn:miriam:genedb       ^[\w\d\.-]*$    GeneDB
105GeneFarm                http://urgi.versailles.inra.fr/Genefarm/        http://urgi.versailles.inra.fr/Genefarm/Gene/display_gene.htpl?GENE_ID=$id      4892                    1       urn:miriam:genefarm     ^\d+$   GeneFarm
106GeneOntology    T       http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/   http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=$id       GO:0006915      probe           1       urn:miriam:obo.go       ^GO:\d{7}$      Gene Ontology
107GeneTree                http://www.ensembl.org/ http://www.ensembl.org/Multi/GeneTree/Image?db=core;gt=$id      ENSGT00550000074763                     1       urn:miriam:genetree     ^ENSGT\d+$      GeneTree
108GEO             http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser?acc=$id    GDS1234 experiment              1       urn:miriam:geo  ^GDS\d+$        GEO
109GiardiaDB               http://giardiadb.org/giardiadb/ http://giardiadb.org/giardiadb/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id       GL50803_102438                  1       urn:miriam:giardiadb    ^\w+$   GiardiaDB
110GlycomeDB               http://www.glycome-db.org/showMenu.action?major=database        http://www.glycome-db.org/database/showStructure.action?glycomeId=$id   1       metabolite              1       urn:miriam:glycomedb    ^\d+$   GlycomeDB
111GOA             http://www.ebi.ac.uk/GOA/       http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GProtein?ac=$id    P12345                  1       urn:miriam:goa  ^([A-N,R-Z][0-9][A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])$      GOA
112GPCRDB          http://www.gpcr.org/7tm/        http://www.gpcr.org/7tm/proteins/$id    RL3R1_HUMAN                     1       urn:miriam:gpcrdb       ^\w+$   GPCRDB
113Gramene Arabidopsis     EnAt    http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/Arabidopsis_thaliana/Gene/Summary?g=$id  ATMG01360-TAIR-G        gene    Arabidopsis thaliana    1       EnAt    AT[\dCM]G\d{5}\-TAIR\-G
114Gramene genes           http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/genes/search_gene?acc=$id     GR:0080039                      1       urn:miriam:gramene.gene ^GR\:\d+$       Gramene genes
115Gramene Genes DB        Gg      http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/genes/search_gene?acc=$id     GR:0060184      gene            1       Gg      GR:\d+ 
116Gramene Literature      Gl      http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/literature/pub_search?ref_id=$id      6200    probe           0       Gl             
117Gramene Maize   EnZm    http://www.ensembl.org  http://www.maizesequence.org/Zea_mays/Gene/Summary?g=$id        GRMZM2G174107   gene            1       EnZm           
118Gramene Pathway Gp      http://www.gramene.org/pathway          AAH72400        probe           0       Gp             
119Gramene protein         http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/protein/protein_search?protein_id=$id 78073                   1       urn:miriam:gramene.protein      ^\d+$   Gramene protein
120Gramene QTL             http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/qtl/qtl_display?qtl_accession_id=$id  CQG5                    1       urn:miriam:gramene.qtl  ^\w+$   Gramene QTL
121Gramene Rice    EnOj    http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/Oryza_sativa_japonica/Gene/Summary?db=core;g=$id osa-MIR171a     gene            1       EnOj           
122Gramene Taxonomy                http://www.gramene.org/ http://www.gramene.org/db/ontology/search?id=$id        GR_tax:013681                   1       urn:miriam:gramene.taxonomy     ^GR\_tax\:\d+$  Gramene Taxonomy
123GreenGenes              http://greengenes.lbl.gov/      http://greengenes.lbl.gov/cgi-bin/show_one_record_v2.pl?prokMSA_id=$id  100000                  1       urn:miriam:greengenes   ^\d+$   GreenGenes
124GRIN Plant Taxonomy             http://www.ars-grin.gov/cgi-bin/npgs/html/index.pl?language=en  http://www.ars-grin.gov/cgi-bin/npgs/html/taxon.pl?$id  19333                   1       urn:miriam:grin.taxonomy        ^\d+$   GRIN Plant Taxonomy
125H-InvDb Locus           http://h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index.jsp  http://h-invitational.jp/hinv/spsoup/locus_view?hix_id=$id      HIX0004394                      1       urn:miriam:hinv.locus   ^HIX\d{7}(\.\d+)?^      H-InvDb Locus
126H-InvDb Protein         http://h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index.jsp  http://h-invitational.jp/hinv/protein/protein_view.cgi?hip_id=$id       HIP000030660                    1       urn:miriam:hinv.protein ^HIP\d{9}(\.\d+)?^      H-InvDb Protein
127H-InvDb Transcript              http://h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index.jsp  http://h-invitational.jp/hinv/spsoup/transcript_view?hit_id=$id HIT000195363                    1       urn:miriam:hinv.transcript      ^HIT\d{9}(\.\d+)?^      H-InvDb Transcript
128HCVDB           http://euhcvdb.ibcp.fr/euHCVdb/ http://euhcvdb.ibcp.fr/euHCVdb/do/displayHCVEntry?primaryAC=$id M58335                  1       urn:miriam:hcvdb        ^M\d{5}$        HCVDB
129HGNC    H       http://www.genenames.org        http://www.genenames.org/data/hgnc_data.php?match=$id   DAPK1   gene    Homo sapiens    1       H       [A-Z][A-Z,0-9]+
130HGNC Accession number   Hac     http://www.genenames.org        http://www.genenames.org/data/hgnc_data.php?hgnc_id=$id HGNC:2674       gene    Homo sapiens    1       urn:miriam:hgnc HGNC:\d{1,5}    HGNC
131HMDB    Ch      http://www.hmdb.ca/     http://www.hmdb.ca/metabolites/$id      HMDB00001       metabolite              1       urn:miriam:hmdb ^HMDB\d{5}$     HMDB
132HOGENOM         http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hogenom/    http://pbil.univ-lyon1.fr/cgi-bin/view-tree.pl?db=HOGENOM5&query=$id    HBG284870                       1       urn:miriam:hogenom      ^\w+$   HOGENOM
133HOMD Sequence Metainformation           http://www.homd.org/index.php   http://www.homd.org/modules.php?op=modload&name=GenomeList&file=index&link=detailinfo&seqid=$id SEQF1003                        1       urn:miriam:homd.seq     ^SEQ\d+$        HOMD Sequence Metainformation
134HOMD Taxonomy           http://www.homd.org/index.php   http://www.homd.org/modules.php?op=modload&name=HOMD&file=index&oraltaxonid=$id&view=dynamic    811                     1       urn:miriam:homd.taxon   ^\d+$   HOMD Taxonomy
135HOVERGEN                http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hovergen.php        http://pbil.univ-lyon1.fr/cgi-bin/view-tree.pl?query=$id&db=HOVERGEN    HBG004341       gene            1       urn:miriam:hovergen     ^HBG\d+$        HOVERGEN
136HsGene  Hs                              gene    Homo sapiens    1       Hs             
137HSSP            http://swift.cmbi.kun.nl/swift/hssp/    ftp://ftp.embl-heidelberg.de/pub/databases/protein_extras/hssp/$id.hssp 102l                    1       urn:miriam:hssp ^\d+$   HSSP
138Human Disease Ontology          http://bioportal.bioontology.org/       http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1009/?p=terms&conceptid=$id DOID:11337                      1       urn:miriam:obo.do       ^DOID\:\d+$     Human Disease Ontology
139ICD             http://www.who.int/classifications/icd/en/      http://apps.who.int/classifications/icd10/browse/2010/en#/$id   C34     ontology                1       urn:miriam:icd  ^[A-Z]\d+(\.[-\d+])?$   ICD
140Illumina        Il                      ILMN_5668       probe           0       Il      ILMN_\d+       
141IMEx            http://disber.net/imexdrupal/   http://www.ebi.ac.uk/intact/imex/main.xhtml?query=$id   IM-12080-80     pathway         1       urn:miriam:imex ^IM-\d+(-?)(\d+?)$      IMEx
142IntAct          http://www.ebi.ac.uk/intact/    http://www.ebi.ac.uk/intact/pages/details/details.xhtml?interactionAc=$id       EBI-2307691     pathway         1       urn:miriam:intact       ^EBI\-[0-9]+$   IntAct
143Integrated Microbial Genomes Gene               http://img.jgi.doe.gov/ http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi?section=GeneDetail&gene_oid=$id       638309541                       1       urn:miriam:img.gene     ^\d+$   Integrated Microbial Genomes Gene
144Integrated Microbial Genomes Taxon              http://img.jgi.doe.gov/ http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi?section=TaxonDetail&taxon_oid=$id     648028003                       1       urn:miriam:img.taxon    ^\d+$   Integrated Microbial Genomes Taxon
145InterPro        I       http://www.ebi.ac.uk/interpro/  http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=$id   IPR000100       protein         1       urn:miriam:interpro     ^IPR\d{6}$      InterPro
146IPI     Ip      http://www.ebi.ac.uk/IPI        http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=IPI&id=$id&format=default       IPI00000001     probe           1       urn:miriam:ipi  ^IPI\d{8}$      IPI
147IRD Segment Sequence            http://www.fludb.org/   http://www.fludb.org/brc/fluSegmentDetails.do?ncbiGenomicAccession=$id  CY077097                        1       urn:miriam:ird.segment  ^\w+(\_)?\d+(\.\d+)?$   IRD Segment Sequence
148iRefWeb         http://wodaklab.org/iRefWeb/    http://wodaklab.org/iRefWeb/interaction/show/$id        617102  pathway         1       urn:miriam:irefweb      ^\d+$   iRefWeb
149IRGSP Gene      Ir      http://rgp.dna.affrc.go.jp/IRGSP/               Os12g0561000    gene            1       Ir      Os\d{2}g\d+     
150ISBN            http://isbndb.com/      http://isbndb.com/search-all.html?kw=$id        9781584885658   publication             1       urn:miriam:isbn ^(ISBN)?(-13|-10)?[:]?[ ]?(\d{2,3}[ -]?)?\d{1,5}[ -]?\d{1,7}[ -]?\d{1,6}[ -]?(\d|X)$    ISBN
151ISFinder                http://www-is.biotoul.fr/i      http://www-is.biotoul.fr/index.html?is_special_name=$id ISA1083-2                       1       urn:miriam:isfinder     ^IS\w+(\-\d)?^  ISFinder
152Japan Collection of Microorganisms              http://www.jcm.riken.go.jp/     http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_number?JCM=$id       17254                   1       urn:miriam:jcm  ^\d+$   Japan Collection of Microorganisms
153JWS             http://jjj.biochem.sun.ac.za/index.html http://jjj.biochem.sun.ac.za/cgi-bin/processModelSelection.py?keytype=modelname&keyword=$id     curien  pathway         1       urn:miriam:jws  ^\w+$   JWS Online
154Kegg Compound   Ck      http://www.genome.jp/kegg/ligand.html   http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?cpd:$id C12345  metabolite              1       urn:miriam:kegg.compound        ^C\d+$  KEGG Compound
155KEGG Drug               http://www.genome.jp/kegg/drug/ http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?dr:$id  D00123  metabolite              1       urn:miriam:kegg.drug    ^D\d+$  KEGG Drug
156KEGG Genes      Kg      http://www.genome.jp/kegg/genes.html    http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?$id     syn:ssr3451     gene            1       urn:miriam:kegg.genes   ^\w+:[\w\d\.-]*$        KEGG Genes
157KEGG Glycan             http://www.genome.jp/kegg/glycan/       http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?gl:$id  G00123  metabolite              1       urn:miriam:kegg.glycan  ^G\d+$  KEGG Glycan
158KEGG Orthology          http://www.genome.jp/kegg/ko.html       http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko+$id  K00001  protein         1       urn:miriam:kegg.orthology       ^K\d+$  KEGG Orthology
159KEGG Pathway            http://www.genome.jp/kegg/pathway.html  http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?pathway+$id  hsa00620        pathway         1       urn:miriam:kegg.pathway ^\w{2,3}\d{5}$  KEGG Pathway
160KEGG Reaction           http://www.genome.jp/kegg/reaction/     http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?rn:$id  R00100  protein         1       urn:miriam:kegg.reaction        ^R\d+$  KEGG Reaction
161KiSAO           http://bioportal.bioontology.org/       http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1410?p=terms&conceptid=kisao:$id    KISAO_0000057   ontology                1       urn:miriam:biomodels.kisao      ^KISAO_\d+$     KiSAO
162Ligand Expo             http://ligand-depot.rutgers.edu/index.html      http://ligand-depot.rutgers.edu/pyapps/ldHandler.py?formid=cc-index-search&target=$id&operation=ccid    ABC     protein         1       urn:miriam:ligandexpo   ^(\w){3}$       Ligand Expo
163Ligand-Gated Ion Channel database               http://www.ebi.ac.uk/compneur-srv/LGICdb/LGICdb.php     http://www.ebi.ac.uk/compneur-srv/LGICdb/HTML/$id.php   5HT3Arano       protein         1       urn:miriam:lgic ^\w+$   Ligand-Gated Ion Channel database
164LIPID MAPS              http://www.lipidmaps.org        http://www.lipidmaps.org/data/get_lm_lipids_dbgif.php?LM_ID=$id LMFA01030001    metabolite              1       urn:miriam:lipidmaps    ^LM(FA|GL|GP|SP|ST|PR|SL|PK)[0-9]{4}([0-9a-zA-Z]{4})?$  LIPID MAPS
165LipidBank               http://lipidbank.jp/index.html  http://lipidbank.jp/cgi-bin/detail.cgi?id=$id   BBA0001 metabolite              1       urn:miriam:lipidbank    ^\w+\d+$        LipidBank
166MACiE           http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/MACiE/index.html    http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/MACiE/entry/getPage.pl?id=$id       M0001   protein         1       urn:miriam:macie        ^M\d{4}$        MACiE
167MaizeGDB        Mg              http://www.maizegdb.org/cgi-bin/displaylocusresults.cgi?term=$id        acc1    gene    Zea mays        1       Mg             
168MaizeGDB Locus          http://www.maizegdb.org/        http://www.maizegdb.org/cgi-bin/displaylocusrecord.cgi?id=$id   25011                   1       urn:miriam:maizegdb.locus       ^\d+$   MaizeGDB Locus
169MatrixDB                http://matrixdb.ibcp.fr/        http://matrixdb.ibcp.fr/cgi-bin/model/report/default?name=$id&class=Association P00747_P07355   pathway         1       urn:miriam:matrixdb.association ^([A-N,R-Z][0-9][A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])_.*|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9]_.*)|(GAG_.*)|(MULT_.*)|(PFRAG_.*)|(LIP_.*)|(CAT_.*)$        MatrixDB
170Melanoma Molecular Map Project Biomaps          http://www.mmmp.org/MMMP/public/biomap/listBiomap.mmmp  http://www.mmmp.org/MMMP/public/biomap/viewBiomap.mmmp?id=$id   37      pathway         1       urn:miriam:mmmp:biomaps ^\d+$   Melanoma Molecular Map Project Biomaps
171MEROPS          http://merops.sanger.ac.uk/index.htm    http://merops.sanger.ac.uk/cgi-bin/merops.cgi?id=$id    S01.001 protein         1       urn:miriam:merops       ^S\d{2}\.\d{3}$ MEROPS
172MGI     M       http://www.informatics.jax.org/ http://www.informatics.jax.org/searches/accession_report.cgi?id=$id     MGI:2442292     gene    Mus musculus    1       urn:miriam:mgd  ^MGI:\d+$       Mouse Genome Database
173Microbial Protein Interaction Database          http://www.jcvi.org/mpidb/about.php     http://www.jcvi.org/mpidb/experiment.php?interaction_id=$id     172     pathway         1       urn:miriam:mpid ^\d+$   Microbial Protein Interaction Database
174MicrosporidiaDB         http://microsporidiadb.org/micro/       http://microsporidiadb.org/micro/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id     ECU03_0820i                     1       urn:miriam:microsporidia        ^\w+$   MicrosporidiaDB
175MINT            http://mint.bio.uniroma2.it/mint/       http://mint.bio.uniroma2.it/mint/search/inFrameInteraction.do?interactionAc=$id MINT-10000      pathway         1       urn:miriam:mint ^MINT\-\d{1,5}$ MINT
176miRBase mature sequence Mbm     http://www.mirbase.org/ http://www.mirbase.org/cgi-bin/mature.pl?mature_acc=$id MIMAT0000001                    1       urn:miriam:mirbase.mature       MIMAT\d{7}      miRBase mature sequence
177miRBase Sequence        Mb      http://microrna.sanger.ac.uk/   http://microrna.sanger.ac.uk/cgi-bin/sequences/mirna_entry.pl?acc=$id   MI0000001       gene            1       urn:miriam:mirbase      MI\d{7} miRBase Sequence
178MIRIAM Registry collection              http://www.ebi.ac.uk/miriam/    http://www.ebi.ac.uk/miriam/main/$id    MIR:00000008                    1       urn:miriam:miriam.collection    ^MIR:000\d{5}$  MIRIAM Registry collection
179MIRIAM Registry resource                http://www.ebi.ac.uk/miriam/    http://www.ebi.ac.uk/miriam/main/resources/$id  MIR:00100005                    1       urn:miriam:miriam.resource      ^MIR:001\d{5}$  MIRIAM Registry resource
180MIRIAM Resources                http://www.ebi.ac.uk/miriam/    http://www.ebi.ac.uk/miriam/main/$id    MIR:00000008    ontology                1       urn:miriam:miriam               
181ModelDB         http://senselab.med.yale.edu/ModelDB/   http://senselab.med.yale.edu/ModelDB/ShowModel.asp?model=$id    45539   pathway         1       urn:miriam:modeldb      ^\d+$   ModelDB
182Molecular Interactions Ontology         http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        MI:0308 ontology                1       urn:miriam:obo.mi       ^MI:\d{4}$      Molecular Interactions Ontology
183Molecular Modeling Database             http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=structure   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=$id  50885   pathway         1       urn:miriam:mmdb ^\d{1,5}$       Molecular Modeling Database
184MycoBank                http://www.mycobank.org/        http://www.mycobank.org/MycoTaxo.aspx?Link=T&Rec=$id    349124                  1       urn:miriam:mycobank     ^\d+$   MycoBank
185MycoBrowser leprae              http://mycobrowser.epfl.ch/leprosy.html http://mycobrowser.epfl.ch/leprosysearch.php?gene+name=$id      ML0224                  1       urn:miriam:myco.lepra   ^ML\w+$ MycoBrowser leprae
186MycoBrowser marinum             http://mycobrowser.epfl.ch/marinolist.html      http://mycobrowser.epfl.ch/marinosearch.php?gene+name=$id       MMAR_2462                       1       urn:miriam:myco.marinum "MMAR\w+$       MycoBrowser marinum
187MycoBrowser smegmatis           http://mycobrowser.epfl.ch/smegmalist.html      http://mycobrowser.epfl.ch/smegmasearch.php?gene+name=$id       MSMEG_3769                      1       urn:miriam:myco.smeg    ^MSMEG\w+$      MycoBrowser smegmatis
188MycoBrowser tuberculosis                http://tuberculist.epfl.ch/     http://tuberculist.epfl.ch/quicksearch.php?gene+name=$id        Rv1908c                 1       urn:miriam:myco.tuber   ^\w+$   MycoBrowser tuberculosis
189NASC Gene       N                       ATMG00960-TAIR-G        gene    Arabidopsis thaliana    1       N       AT[\dCM]G\d{5}\-TAIR\-G
190NCI Pathway Interaction Database: Pathway               http://pid.nci.nih.gov/ http://pid.nci.nih.gov/search/pathway_landing.shtml?what=graphic&jpg=on&pathway_id=$id  pi3kcipathway   pathway         1       urn:miriam:pid.pathway  ^\w+$   NCI Pathway Interaction Database: Pathway
191NCIt            http://ncit.nci.nih.gov/        http://ncit.nci.nih.gov/ncitbrowser/ConceptReport.jsp?dictionary=NCI%20Thesaurus&code=$id       C80519                  1       urn:miriam:ncit ^C\d+$  NCIt
192NeuroLex                http://www.neurolex.org/wiki/Main_Page  http://www.neurolex.org/wiki/$id        Birnlex_721     ontology                1       urn:miriam:neurolex     ^(Birnlex_|Sao)\d+$     NeuroLex
193NeuroMorpho             http://neuromorpho.org/neuroMorpho/index.jsp    http://neuromorpho.org/neuroMorpho/neuron_info.jsp?neuron_name=$id      Rosa2   experiment              1       urn:miriam:neuromorpho  ^\w+$   NeuroMorpho
194NeuronDB                http://senselab.med.yale.edu/NeuronDB/  http://senselab.med.yale.edu/NeuronDB/NeuronProp.aspx?id=$id    265     experiment              1       urn:miriam:neurondb     ^\d+$   NeuronDB
195NITE Biological Research Center Catalogue               http://www.nbrc.nite.go.jp/e/index.html http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCCatalogueDetailServlet?ID=NBRC&CAT=$id     00001234                        1       urn:miriam:nbrc ^\d+$   NITE Biological Research Center Catalogue
196NuGO wiki       Nw              http://wiki.nugo.org/index.php/$id      HMDB00001       metabolite              0       Nw             
197OMIA            http://omia.angis.org.au/       http://omia.angis.org.au/$id/   1000                    1       urn:miriam:omia ^\d+$   OMIA
198OMIM    Om      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/$id    603903  gene            1       urn:miriam:omim ^[*#+%^]?\d{6}$ OMIM
199Ontology for Biomedical Investigations          http://obi-ontology.org/page/Main_Page  http://ashby.csail.mit.edu/cgi-bin/obiterm?ref=$id      OBI_0000225     ontology                1       urn:miriam:obo.obi      ^OBI_\d{7}$     Ontology for Biomedical Investigations
200Ontology of Physics for Biology         http://bioportal.bioontology.org/       http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1141?p=terms&conceptid=OPB:$id      OPB_00573       ontology                1       urn:miriam:opb  ^OPB\:OPB_\d+$  Ontology of Physics for Biology
201Orphanet                http://www.orpha.net/consor/    http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/OC_Exp.php?Lng=EN&Expert=$id        85163                   1       urn:miriam:orphanet     ^\d+$   Orphanet
202OrthoDB         http://cegg.unige.ch/orthodb4   http://cegg.unige.ch/orthodb/results?searchtext=$id     Q9P0K8                  1       urn:miriam:orthodb      ^\w+$   OrthoDB
203Oryzabase       Ob      http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase      http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/gateway/gatewayAction.do?target=symbol&id=$id        468     gene    Oryza sativa    1       Ob             
204Other   O                               gene            1       O               
205PaleoDB         http://paleodb.org/     http://paleodb.org/cgi-bin/bridge.pl?a=basicTaxonInfo&taxon_no=$id      83088                   1       urn:miriam:paleodb      ^\d+$   PaleoDB
206PANTHER         http://www.pantherdb.org/       http://www.pantherdb.org/panther/family.do?clsAccession=$id     PTHR12345       protein         1       urn:miriam:panther      ^PTHR\d{5}$     PANTHER
207Pathway Commons         http://www.pathwaycommons.org/pc/       http://www.pathwaycommons.org/pc/record2.do?id=$id      485991  pathway         1       urn:miriam:pathwaycommons       ^\d+$   Pathway Commons
208PATO            http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        PATO:0001998    ontology                1       urn:miriam:obo.pato     ^PATO:\d{7}$    PATO
209PDB     Pd      http://www.pdb.org/     http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=$id      2gc4    protein         1       urn:miriam:pdb  ^[0-9][A-Z0-9]{3}$      Protein Data Bank
210PeptideAtlas            http://www.peptideatlas.org/    https://db.systemsbiology.net/sbeams/cgi/PeptideAtlas/Summarize_Peptide?query=QUERY&searchForThis=$id   PAp00000009     protein         1       urn:miriam:peptideatlas ^PAp[0-9]{8}$   PeptideAtlas
211Peroxibase              http://peroxibase.toulouse.inra.fr/     http://peroxibase.toulouse.inra.fr/listing.php?action=view&id=$id       5282                    1       urn:miriam:peroxibase   ^\d+$   Peroxibase
212Pfam    Pf      http://pfam.sanger.ac.uk/       http://pfam.sanger.ac.uk/family?entry=$id       PF01234 protein         1       urn:miriam:pfam ^PF\d{5}$       Pfam
213PharmGKB Disease                http://www.pharmgkb.org/        http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=$id&objCls=Disease       PA447218        ontology                1       urn:miriam:pharmgkb.disease     ^PA\d+$ PharmGKB Disease
214PharmGKB Drug           http://www.pharmgkb.org/        http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=$id&objCls=Drug  PA448710        metabolite              1       urn:miriam:pharmgkb.drug        ^PA\d+$ PharmGKB Drug
215PharmGKB Pathways               http://www.pharmgkb.org/        http://www.pharmgkb.org/do/serve?objId=$id&objCls=Pathway       PA146123006     pathway         1       urn:miriam:pharmgkb.pathways    ^PA\d+$ PharmGKB Pathways
216PhosphoSite Protein             http://www.phosphosite.org/homeAction.do        http://www.phosphosite.org/proteinAction.do?id=$id      12300   protein         1       urn:miriam:phosphosite.protein  ^\d{5}$ PhosphoSite Protein
217PhosphoSite Residue             http://www.phosphosite.org/homeAction.do        http://www.phosphosite.org/siteAction.do?id=$id 2842    protein         1       urn:miriam:phosphosite.residue  ^\d+$   PhosphoSite Residue
218PhylomeDB               http://phylomedb.org/   http://phylomedb.org/?seqid=$id Phy000CLXM_RAT                  1       urn:miriam:phylomedb    ^\w+$   PhylomeDB
219PIRSF           http://pir.georgetown.edu/pirsf/        http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/ipcSF?id=$id  PIRSF000100     protein         1       urn:miriam:pirsf        ^PIRSF\d{6}$    PIRSF
220PlantGDB        Pl      http://www.plantgdb.org/                PUT-157a-Vitis_vinifera-37378   gene            1       Q       PUT-[\w\d-]+   
221PlasmoDB                http://plasmodb.org/plasmo/     http://plasmodb.org/plasmo/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id   PF11_0344                       1       urn:miriam:plasmodb     ^\w+$   PlasmoDB
222PMP             http://www.proteinmodelportal.org/      http://www.proteinmodelportal.org/?pid=modelDetail&pmpuid=$id   1000011778810                   1       urn:miriam:pmp  ^\d+$   PMP
223PRIDE           http://www.ebi.ac.uk/pride/     http://www.ebi.ac.uk/pride/experimentLink.do?experimentAccessionNumber=$id      1       protein         1       urn:miriam:pride        ^\d+$   PRIDE
224ProDom          http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php     http://prodom.prabi.fr/prodom/current/cgi-bin/request.pl?question=DBEN&query=$id        PD10000 protein         1       urn:miriam:prodom       ^PD\d+$ ProDom
225PROSITE         http://www.expasy.org/prosite/  http://prosite.expasy.org/$id   PS00001 protein         1       urn:miriam:prosite      ^PS\d{5}$       PROSITE
226ProtClustDB             http://www.ncbi.nlm.nih.gov/proteinclusters?db=proteinclusters  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=proteinclusters&Cmd=DetailsSearch&Term=$id  O80725                  1       urn:miriam:protclustdb  ^\w+$   ProtClustDB
227Protein Model Database          http://mi.caspur.it/PMDB/       http://www.caspur.it/PMDB/user/search.php?idsearch=$id  PM0012345                       1       urn:miriam:pmdb ^PM\d{7}        Protein Model Database
228Protein Modification Ontology           http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/   http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        MOD:00001       ontology                1       urn:miriam:obo.psi-mod  ^MOD:\d{5}      Protein Modification Ontology
229Protein Ontology                http://pir.georgetown.edu/pro/pro.shtml http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/pro/entry_pro?id=$id  PR:000000563                    1       urn:miriam:obo.pr       ^PR\:\d+$       Protein Ontology
230ProtoNet Cluster                http://www.protonet.cs.huji.ac.il/      http://www.protonet.cs.huji.ac.il/requested/cluster_card.php?cluster=$id        4349895                 1       urn:miriam:protonet.cluster     ^\d+$   ProtoNet Cluster
231ProtoNet ProteinCard            http://www.protonet.cs.huji.ac.il/      http://www.protonet.cs.huji.ac.il/requested/protein_card.php?protein_id=$id     16941567                        1       urn:miriam:protonet.proteincard ^\d+$.  ProtoNet ProteinCard
232Pseudomonas Genome Database             http://www.pseudomonas.com/     http://www.pseudomonas.com/getAnnotation.do?locusID=$id PSEEN0001                       1       urn:miriam:pseudomonas  ^P\w+$  Pseudomonas Genome Database
233PubChem-bioassay                http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pcassay     http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/assay/assay.cgi?aid=$id 1018    metabolite              1       urn:miriam:pubchem.bioassay     ^\d+$   PubChem-bioassay
234PubChem Cp      http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/                100101  metabolite              1               ^\d+$   PubChem-compound
235PubChem-compound        Cpc     http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/        http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=$id     100101  metabolite              1       urn:miriam:pubchem.compound     ^\d+$   PubChem-compound
236PubChem-substance       Cps     http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/        http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?sid=$id     100101  metabolite              1       urn:miriam:pubchem.substance    ^\d+$   PubChem-substance
237PubMed          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/$id  16333295        publication             1       urn:miriam:pubmed       ^\d+$   PubMed
238PubMed Central          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/$id/?tool=pubmed       PMC3084216                      1       urn:miriam:pmc  PMC\d+  PubMed Central
239Reactome        Re      http://www.reactome.org/        http://www.reactome.org/cgi-bin/eventbrowser_st_id?FROM_REACTOME=1&ST_ID=$id    REACT_1590      pathway         1       urn:miriam:reactome     ^REACT_\d+(\.\d+)?$     Reactome
240REBASE          http://rebase.neb.com/rebase/   http://rebase.neb.com/rebase/enz/$id.html       101                     1       urn:miriam:rebase       ^\d+$   REBASE
241RefSeq  Q       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/RefSeq/    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=$id  NP_012345       gene            1       urn:miriam:refseq       ^(NC|AC|NG|NT|NW|NZ|NM|NR|XM|XR|NP|AP|XP|ZP)_\d+$       RefSeq
242Relation Ontology               http://www.obofoundry.org/ro/   http://www.obofoundry.org/ro/#$id       OBO_REL:is_a    ontology                1       urn:miriam:obo.ro       ^OBO_REL:\w+$   Relation Ontology
243RESID           http://www.ebi.ac.uk/RESID/     http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-id+6JSUg1NA6u4+-e+[RESID:'$id']      AA0001  protein         1       urn:miriam:resid        ^AA\d{4}$       RESID
244Rfam    Rf              http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Rfam/getacc?$id RF00066 gene            1       Rf      RF\d+   
245RGD     R       http://rgd.mcw.edu/     http://rgd.mcw.edu/tools/genes/genes_view.cgi?id=$id    2018    gene    Rattus norvegicus       1       urn:miriam:rgd  ^\d{4,7}$       Rat Genome Database
246Rhea            http://www.ebi.ac.uk/rhea/      http://www.ebi.ac.uk/rhea/reaction.xhtml?id=$id 12345   protein         1       urn:miriam:rhea ^\d{5}$ Rhea
247Rice Ensembl Gene       Os      http://www.gramene.org/Oryza_sativa     http://www.gramene.org/Oryza_sativa/geneview?gene=$id   LOC_Os04g54800  gene    Oryza sativa    1       Os             
248SABIO-RK EC Record              http://sabiork.h-its.org/       http://sabiork.h-its.org/index2.jsp?EC=$id      2.7.1.1 protein         1       urn:miriam:sabiork.ec   ^((\d+)|(\d+\.\d+)|(\d+\.\d+\.\d+)|(\d+\.\d+\.\d+\.\d+))$       SABIO-RK EC Record
249SABIO-RK Kinetic Record         http://sabiork.h-its.org/       http://sabiork.h-its.org/kineticLawEntry.jsp?kinlawid=$id       5046    experiment              1       urn:miriam:sabiork.kineticrecord        ^\d+$   SABIO-RK Kinetic Record
250SABIO-RK Reaction               http://sabiork.h-its.org/       http://sabiork.h-its.org/index2.jsp?reac=$id    75      protein         1       urn:miriam:sabiork.reaction     ^\d+$   SABIO-RK Reaction
251Saccharomyces genome database pathways          http://pathway.yeastgenome.org/ http://pathway.yeastgenome.org/YEAST/new-image?type=PATHWAY&object=$id  PWY3O-214       pathway Saccharomyces cerevisiae        1       urn:miriam:sgd.pathways ^PWY\w{2}\-\d{3}$       Saccharomyces genome database pathways
252sequence ontology               http://www.sequenceontology.org/        http://www.sequenceontology.org/miso/current_release/term/$id   SO:0000704      ontology                1       urn:miriam:obo.so       ^SO:\d{7}$      Sequence Ontology
253SGD     D       http://www.yeastgenome.org/     http://db.yeastgenome.org/cgi-bin/locus.pl?dbid=$id     S000028457      gene            1       urn:miriam:sgd  ^S\d+$  SGD
254Signaling Gateway               http://www.signaling-gateway.org/molecule       http://www.signaling-gateway.org/molecule/query?afcsid=$id      A001094 protein         1       urn:miriam:signaling-gateway    A\d{6}$ Signaling Gateway
255Small Molecule Pathway Database         http://www.smpdb.ca/pathways    http://pathman.smpdb.ca/pathways/$id/pathway    SMP00001        pathway         1       urn:miriam:smpdb        ^SMP\d{5}$      Small Molecule Pathway Database
256SMART           http://smart.embl-heidelberg.de/        http://smart.embl-heidelberg.de/smart/do_annotation.pl?DOMAIN=$id       SM00015 protein         1       urn:miriam:smart        ^SM\d{5}$       SMART
257Sol Genomics Network            http://solgenomics.net/ http://solgenomics.net/phenome/locus_display.pl?locus_id=$id    0001                    1       urn:miriam:sgn  ^\d+$   Sol Genomics Network
258SPRINT          http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/sprint/    http://www.bioinf.manchester.ac.uk/cgi-bin/dbbrowser/sprint/searchprintss.cgi?prints_accn=$id&display_opts=Prints&category=None&queryform=false&regexpr=off     PR00001 protein         1       urn:miriam:sprint       ^PR\d{5}$       SPRINT
259SubstrateDB             http://substrate.burnham.org/   http://substrate.burnham.org/protein/annotation/$id/html        1915                    1       urn:miriam:pmap.substratedb     ^\w+$   SubstrateDB
260SubtiWiki               http://www.subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki/index.php/Main_Page http://www.subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki/index.php/$id       BSU29180        pathway         1       urn:miriam:subtiwiki    ^BSU\d{5}$      SubtiWiki
261SWISS-MODEL             http://swissmodel.expasy.org/   http://swissmodel.expasy.org/repository/smr.php?sptr_ac=$id     P23298                  1       urn:miriam:swiss-model  ^\w+$   SWISS-MODEL
262Systems Biology Ontology                http://www.ebi.ac.uk/sbo/       http://www.ebi.ac.uk/sbo/main/$id       SBO:0000262     ontology                1       urn:miriam:obo.sbo             
263Systems Biology Ontology                http://www.ebi.ac.uk/sbo/       http://www.ebi.ac.uk/sbo/main/$id       SBO:0000262                     1       urn:miriam:biomodels.sbo        ^SBO:\d{7}$     Systems Biology Ontology
264T3DB            http://www.t3db.org/    http://www.t3db.org/toxins/$id  T3D0001 metabolite              1       urn:miriam:t3db ^T3D\d+$        T3DB
265TAIR    A       http://arabidopsis.org/index.jsp        http://arabidopsis.org/servlets/TairObject?type=locus&name=$id  AT1G01030       gene            1       urn:miriam:tair.locus   ^AT[1-5]G\d{5}$ TAIR Locus
266TAIR Gene               http://arabidopsis.org/index.jsp        http://arabidopsis.org/servlets/TairObject?accession=$id        Gene:2200934    gene            1       urn:miriam:tair.gene    ^Gene:\d{7}$    TAIR Gene
267TAIR Protein            http://arabidopsis.org/index.jsp        http://arabidopsis.org/servlets/TairObject?accession=$id        AASequence:1009107926   protein         1       urn:miriam:tair.protein ^AASequence:\d{10}$     TAIR Protein
268Taxonomy                http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=$id        9606    organism                1       urn:miriam:taxonomy     ^\d+$   Taxonomy
269TEDDY           http://teddyontology.sourceforge.net/   http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1407?p=terms&conceptid=$id  TEDDY_0000066   ontology                1       urn:miriam:biomodels.teddy      ^TEDDY_\d{7}$   TEDDY
270TIGR    Ti      http://www.jcvi.org/            12012.t00308    gene            1       Ti             
271ToxoDB          http://toxodb.org/toxo/ http://toxodb.org/toxo/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id       TGME49_053730                   1       urn:miriam:toxoplasma   ^\w+$   ToxoDB
272Transport Classification Database               http://www.tcdb.org/    http://www.tcdb.org/search/result.php?tc=$id    5.A.1.1.1       protein         1       urn:miriam:tcdb ^\d+\.[A-Z]\.\d+\.\d+\.\d+$     Transport Classification Database
273TrichDB         http://trichdb.org/trichdb/     http://trichdb.org/trichdb/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id   TVAG_386080                     1       urn:miriam:trichdb      ^\w+$   TrichDB
274TriTrypDB               http://tritrypdb.org/tritrypdb/ http://tritrypdb.org/tritrypdb/showRecord.do?name=GeneRecordClasses.GeneRecordClass&source_id=$id       Tb927.8.620                     1       urn:miriam:tritrypdb    ^\w+(\.)?\w+(\.)?\w+    TriTrypDB
275TTD Drug                http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/TTD_HOME.asp http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/ZFTTDDRUG.asp?ID=$id DAP000773       metabolite              1       urn:miriam:ttd.drug     ^DAP\d+$        TTD Drug
276TTD Target              http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/TTD_HOME.asp http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/ZFTTDDetail.asp?ID=$id       TTDS00056       protein         1       urn:miriam:ttd.target   ^TTDS\d+$       TTD Target
277TubercuList     Tb      http://tuberculist.epfl.ch      http://tuberculist.epfl.ch/quicksearch.php?gene+name=$id        Rv0064  gene    Mycobacterium tuberculosis      1       Tb      Rv\d{4}(A|B|c|\.\d)?   
278UCSC Genome Browser     Uc      http://genome.ucsc.edu/ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=$id    uc001tyh.1      gene            1       Uc      uc\d{3}[a-z]{3}\.\d     
279UniGene U       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unigene     http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?UGID=1548618&SEARCH=$id   Hs.553708       gene            1       U       [A-Z][a-z][a-z]?\.\d+   
280UniParc         http://www.ebi.ac.uk/uniparc/   http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=uniparc&id=$id  UPI000000000A   protein         1       urn:miriam:uniparc      ^UPI[A-F0-9]{10}$       UniParc
281Unipathway              http://www.grenoble.prabi.fr/obiwarehouse/unipathway    http://www.grenoble.prabi.fr/obiwarehouse/unipathway/upa?upid=$id       UPA00206        pathway         1       urn:miriam:unipathway   ^UPA\d{5}$      Unipathway
282Uniprot/TrEMBL  S       http://www.ebi.uniprot.org/     http://www.ebi.uniprot.org/entry/$id    P62158  protein         1       urn:miriam:uniprot      ^([A-N,R-Z][0-9][A-Z][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])|([O,P,Q][0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][A-Z, 0-9][0-9])$      UniProt
283UniSTS          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=unists      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/sts.cgi?uid=$id  456789                  1       urn:miriam:unists       ^\d+$   UniSTS
284Unit Ontology           http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=unit    http://www.ebi.ac.uk/ontology-lookup/?termId=$id        UO:0000080      ontology                1       urn:miriam:obo.unit     ^UO:\d{7}?      Unit Ontology
285VectorBase              http://www.vectorbase.org/      http://www.vectorbase.org/Genome/BRCGene/?gene=$id      ISCW007415                      1       urn:miriam:vectorbase   ^\D{4}\d{6}(\-\D{2})?$  VectorBase
286Wheat gene catalog      Wc      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/sql?sql=select+distinct+genewgcreference.number+as+WGC,+reference.name+as+Reference,+reference.title+as+Title,+journal.name+as+Journal,+reference.volume+as+Volume,+reference.pages+as+Page+from+reference+inner+join+genewgcreference+on+genewgcreference.referenceid=reference.id+inner+join+journal+on+reference.journalid=journal.id+where+genewgcreference.number=$id     341     gene    Triticum aestivum       1       Wc             
287Wheat gene names        Wn      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/report?class=gene;name=$id     5S-Rrna-D1_(Triticum)   gene    Triticum aestivum       1       Wn             
288Wheat gene refs Wr      http://wheat.pw.usda.gov/       http://wheat.pw.usda.gov/cgi-bin/graingenes/report.cgi?class=reference&name=$id WGS-95-1333     probe   Triticum aestivum       0       Wr             
289WikiGenes       Wg      http://www.wikigenes.org/       http://www.wikigenes.org/e/gene/e/$id.html      7157    gene            0       Wg             
290WikiPathways    Wp      http://www.wikipathways.org/    http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:$id       WP100   pathway         1       urn:miriam:wikipathways WP\d{1,5}       WikiPathways
291Wikipedia       Wi      http://www.wikipedia.org        http://en.wikipedia.org/wiki/$id        Acetate metabolite              1       Wi             
292WormBase        W       http://www.wormbase.org/        http://www.wormbase.org/db/gene/gene?name=$id;class=Gene        WBGene00000001  gene    Caenorhabditis elegans  1       urn:miriam:wormbase     ^WBGene\d{8}$   WormBase
293Wormpep         http://www.wormbase.org/db/seq/protein  http://www.wormbase.org/db/seq/protein?name=$id CE28239 protein         1       urn:miriam:wormpep      ^CE\d{5}$       Wormpep
294Xenbase         http://www.xenbase.org/ http://www.xenbase.org/gene/showgene.do?method=displayGeneSummary&geneId=$id    922462                  1       urn:miriam:xenbase      ^\d+$   Xenbase
295ZFIN    Z       http://zfin.org http://zfin.org/cgi-bin/webdriver?MIval=aa-markerview.apg&OID=$id       ZDB-GENE-041118-11      gene    Danio rerio     1       urn:miriam:zfin ZDB\-GENE\-\d+\-\d+     ZFIN Gene
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